พุทธศาสนานิกายเซ็นเป็นพุทธศาสนานิกายหนึ่งที่พัฒนาขึ้นในดินแดนจีนช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 7 และ 8 โดยการผสมผสานแนวคิดของพุทธศาสนาฝ่ายมหายานจากอินเดีย และปรัชญาเต๋าในจีน
คำว่า “เซ็น”หรือ เซน (Zen) นี้มีรากศัพท์มาจากภาษาสันสฤตว่า “ธยานะ” (Dhyana) และภาษาบาลีว่า “ฌาน” (Jhana) ที่แปลว่า “สมาธิ”
เมื่อพุทธศาสนาเผยแพร่สู่ดินแดนจีน ชาวจีนได้ออกเสียง “ฉาน” (Ch’an) ต่อมาจึงพัฒนาเป็นพุทธศาสนานิกายฉาน และดินแดนญี่ปุ่นได้รับอิทธิพลของแนวคิดนิกายฉานนี้เข้ามา
ที่เรียกเป็นพุทธศาสนานิกายเซ็นก็เพราะชาวญี่ปุ่นออกเสียงคำว่า “ฉาน” เป็น “เซ็น” ต่อมาพุทธศาสนานิกายนี้ได้พัฒนาออกไปเป็นหลายสำนักแต่มีแนวคิดหลักร่วมกัน คือ เป็นพุทธศาสนาที่เน้นการปฏิบัติสมาธิ
จุดกำเนิดของแนวคิดนิกายเซ็นมีมาแต่ครั้งพุทธกาลจากพระสูตรที่ว่าด้วยปัญหาที่ ท้าวมหาพรหมทูลถามพระพุทธองค์ ดังเนื้อความต่อไปนี้
สมัยหนึ่ง พระผู้มีพระภาคเจ้าประทับ ณ ภูเขาคิชกูฎ ท้าวมหาพรหมได้มาถวายดอกไม้เป็นพุทธบูชา แล้วนั่งลงกราบทูลให้ทรงแสดงธรรม พระตถาคตจึงได้ทรงแสดงโดยการชูดอกไม้ขึ้น ณ ท่ามกลางสันนิบาต แล้วมิได้ตรัสอะไร ในขณะนั้น ปวงเทพและมนุษย์ทั้งหลายต่างไม่เข้าใจในความหมาย มีแต่พระมหากัสสปะยิ้มน้อยๆ อยู่ พระโลกนาถเจ้าจึงตรัสว่า ตถาคตมีธรรมจักษุอันถูกตรงพระนิพพานและจิตที่เยี่ยม ภาวะที่แท้จริงย่อมไม่มีลักษณะ มอบให้แก่มหากัสสปะแล้ว
(ทวีวัฒน์ ปุณฑริกวิวัฒน์, 2530: 9-10)
จากการที่พระมหากัสสปะผู้มีความเป็นเลิศในทางปัญญา ได้รับสังฆาฏิจีวรของพระพุทธองค์
จากจุดนี้ทำให้เกิดธรรมเนียมการส่งมอบ จีวร สังฆาฏิ และบาตร ซึ่งถือเป็นสัญลักษณ์ในการสืบทอดตำแหน่งพระสังฆปรินายกของนิกายเซ็น
ถ้าถือตามพระสูตรนี้จะถือได้ว่า พระมหากัสสปะเป็นพระสังฆปรินายกองค์ที่ 1 ในอินเดียและมีการสืบต่อกันมาจนกระทั่งถึงพระสังฆปรินายกองค์ที่ 28 ซึ่งก็คือ พระโพธิธรรม (Bodhidharma)
ท่านได้นำพุทธธรรมเข้ามาเผยแพร่ในดินแดนจีน โดยสั่งสอนธรรมให้กับท่านฮุ่ยเคอ (Hui c’o) พุทธศาสนานิกายเซ็นในดินแดนจีนจะนับพระโพธิธรรมว่าเป็นพระสังฆปรินายกองค์ที่1
จากนั้นได้มีการสืบทอดตำแหน่งเรื่อยมา จนถึงสมัยของพระสังฆปรินายกองค์ที่ 6 คือ ท่านฮุ้ยเน้ง (Hui – neng) หรือ ท่านเว่ยหลาง (ค.ศ. 638 - 713)
หลังจากนี้พุทธศาสนานิกายเซ็นได้แตกออกเป็น 5 สาขาใหญ่ ได้แก่ เว่ยหยาง (Wen – Yang) หยุนเหมิน (Yun – Men) ฟาเหยน (Fa – Yen) เฉาต้ง (Ts’ao – Tung) และ หลินฉี (Lin – Chi)
สาขาที่สำคัญและได้รับการสืบทอดมาจนทุกวันนี้ มีเพียง 2 สาขา คือ เฉาต้ง และ หลินฉี พุทธศาสนาทั้ง 2 สาขานี้เองที่ดินแดนญี่ปุ่นรับเข้ามาในสมัย คะมะกุระ (Kamakura ค.ศ. 1185 - 1333) ท่านเอะอิไซ ( Eisai ค.ศ. 1141 - 1215) เป็นผู้ก่อตั้ง โดยนำแนวคิดจากสายหลินฉี มาเผยแพร่ เรียกว่า นิกาย “รินไซเซ็น” (Rinzai Zen)
สำนักนี้เน้นการรู้แจ้งอย่างฉับพลันโดยอาศัยปริศนาธรรม เพื่อให้เกิดความสงสัยอย่างต่อเนื่องในจิต จนกระทั่งถึงที่สุดก็จะบรรลุสู่ความรู้แจ้งอย่างฉับพลัน
กล่าวคือ การปฏิบัติธรรมกับผลที่ได้จากการปฏิบัติธรรมเป็นคนละส่วนกัน โดยอาศัยปริศนาธรรมเป็นวิธีที่นำไปสู่การบรรลุธรรม
ต่อมาท่านโดเก็น (ค.ศ. 1200 - 1253) ได้นำแนวคิดจากสายเฉาต้ง มาเผยแพร่ เรียกว่า นิกาย “โซโตเซ็น” (Sōtō Zen) สำนักนี้เน้นที่การปฏิบัติซาเซ็น (Zazen) หรือ การทำสมาธิเป็นสำคัญ
ทั้งนี้เพื่อพัฒนาความสงบและมั่นคงแห่งจิตไปสู่การรู้แจ้ง คำสอนของสำนักโซโตเซ็นจะเน้นว่า การปฏิบัติธรรมกับผลที่ได้จากการปฏิบัติธรรมเป็นหนึ่งเดียวกัน โดยที่การปฏิบัติธรรมมิใช่“วิธี” สู่การบรรลุเป้าหมายบางอย่างภายนอก แต่ประสบการณ์ที่แท้ในการปฏิบัติธรรมนั้นเอง คือ การบรรลุธรรม
